東海道新幹線では89年にこだまが12両から再び16両に戻った際に同線へは16両貫通編成以外の営業乗り入れが認められなくなりました。これは編成を16両貫通編成に統一する事で運用変更が発生した時の対応を効率化するためです。
その後100系が引退してから全て平屋の車両で統一され、定員も全1323席(内訳はグリーン車200で普通車が1123)で統一されていたのですが、それでも500系のみは1324席と座席定員が異なってた他にのぞみに自由席が導入されてからは先頭車のドアが一ヶ所しかない故に乗り降りに時間がかかって遅延に繋がる事もあったのです。
こうした事を踏まえて2007年にN700系が登場してからは500系も東海道から撤退する事になり、2010年2月に東海道から撤退しました。その後は8両に短縮されて山陽のこだまに使用されています。
一方の東海道では500系の撤退後は全車両の定員も完全に統一されました。